1、工作内容不同：物流服务聚焦于商品的实体流转，确保物品从供应商到最终消费者的移动。而物流辅助服务更偏向于辅助性工作，如物流咨询、物流系统设计、物流技术支持等。这些工作是为了优化主服务流程，确保其高效运作。 角色定位不同：物流服务是物流行业的基本组成部分，是客户最直接感受到的服务。
2、物流服务与物流辅助服务在多个方面存在区别，首先体现在服务内容上。物流服务主要涵盖仓储管理、运输和配送、保税物流等核心业务。而物流辅助服务则包括航空港服务、港口码头服务、货运客运场站服务等非核心支持服务，如货物运输代理、代理报关、仓储装卸等。
3、征收税率 物流服务按交通运输业适用11%税率。物流辅助服务适用6%税率。
“从事 ‘物流辅助服务’的企业，税收负担基本持平或增加不多，并且多数企业可通过内部降本增效等措施自行消化。”贺登才表示，上海市物流协会亦持同样观点。
快递公司属于物流辅助业，属于营业税改增值税的纳税人，开出6%（一般纳税人、年应税服务额500万元以上），或者3%（小规模纳税人，年应税服务额500万元以下）的增值税专用发票（网络发票），缴税时可以按照发票上注明的税额抵扣（必须是一般纳税人才能抵扣）。
物流辅助服务，包括航空服务、港口码头服务、货运客运场站服务、打捞救助服务、装卸搬运服务、仓储服务和收派服务。法律依据：《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》 （一）纳税人发生应税行为，除本条第（二）项、第（三）项、第（四）项规定外，税率为6%。
如果公司自己没有运输车，只是承接收货服务给其他运输车的，那么就属于物流辅助服务，税率适用6%。如果自己有车或租用运输车运输货物，那么属于交通运输服务，适用9%税率。